برخی بر این باورند که تخم مرغ های قهوه ای طبیعی تر است، در حالی که برخی معتقدند تخم مرغ های سفید تمیزتراست.رنگ تخم مرغ به نژاد مرغ بستگی دارد

رنگ متفاوت پوسته تخم مرغ از رنگدانه های تولیدی مرغ ناشی می شود. رنگدانه اصلی در تخم های قهوه ای به نام پروتوپرفیت IX شناخته می شود که از هِم، ترکیبی که رنگ قرمز را به خون می بخشد، شکل گرفته است.ژنتیک عاملی کلیدی در تعیین رنگ تخم مرغ است. به گزارش عصر ایران،به عنوان مثال، مرغ هایی که تخم قهوه ای می گذارند، با افزایش سن تخم های بزرگ تر و کمرنگ‌تر خواهند گذاشت. محیط زندگی، رژیم غذایی و میزان استرس نیز ممکن است بر رنگ پوسته تخم مرغ تاثیرگذار باشد.
آیا تخم مرغ های قهوه ای سالم‌تر است؟ حقیقت این است که تمامی تخم مرغ ها، بدون در نظر گرفتن اندازه یا رنگ، مواد مغذی مشابهی دارند. هم تخم مرغ های سفید و هم تخم مرغ های قهوه ای مواد غذایی سالم محسوب می شود. یک تخم مرغ معمولی حاوی مقدار زیادی از انواع ویتامین، مواد معدنی و پروتئین با کیفیت بالاست، که همگی در مجموعه ای با کمتر از ۸۰ کالری گرد هم آمده است.دانشمندان معتقدند رنگ پوسته تخم مرغ هیچ اثرچشمگیری بر کیفیت و تخم مرغ ندارد. این به معنای آن است که رنگ پوسته تخم مرغ تاثیری در سالم بودن یا نبودن آن ندارد. تنها تفاوت در این زمینه رنگدانه پوسته است.
عوامل موثر در ترکیب تخم مرغ : محیط زندگی مرغ می تواند اثر چشمگیری در این زمینه داشته باشد. به عنوان مثال، تخم های تولیدی از مرغ هایی که می توانستند زیر نور خورشید باشند، سه تا چهار برابر ویتامین D بیشتری از تخم های تولیدی از مرغ هایی داشت که در محیط های بسته پرورش داده شده بودند.نوع غذایی که مرغ مصرف می کند نیز می تواند بر محتوای مواد مغذی تخم آن نیز تاثیرگذار باشد. به عنوان مثال، مرغ هایی که با یک رژیم غذایی سرشار از اسیدهای چرب امگا-۳ تغذیه می شوند، تخم هایی با سطوح بالاتر از اسیدهای چرب امگا-۳ عادی می گذارند.